महानवमीका दिनमा गरिने दुर्गा पूजालगायतका कार्य गरी घटस्थापनाका दिनमा राखिएको जमरा विभिन्न शक्तिपीठमा लगी चढाइन्छ । दशैंघर र कोतलगायत विभिन्न देवी मन्दिर र शक्तिपीठमा बलिसहित विशेष पूजा तथा दुर्गा सप्तशती (चण्डी), श्रीमद्देवीभागवत एवं देवी स्तोत्र पाठ गरिन्छ ।
मार्कण्डेय पुराणमा उल्लेख भएअनुसार महानवमी तिथिकै दिन चामुण्डा देवीले रक्तबीज राक्षसलाई वध गरेकाले महानवमी पर्वलाई विशेष महत्त्वका साथ लिइन्छ ।
महानवमीका अवसरमा कोतहरूमा हर्षबढाइँका साथ कोतपूजा र निशानापूजा गरिन्छ । यस अवसरमा हनुमानढोका दरबारका साथै नेपाली सेनाका ब्यारेक र गुल्महरूमा बाजागाजासहित जङ्गी निशाना पूजा र कोतपूजा गर्ने प्रचलन छ ।
काठमाडौंको हनुमानढोका दरबार क्षेत्रमा रहेको तलेजु भवानीको मन्दिर वर्षमा एक दिन महानवमीमा मात्र खुल्ने गर्दछ ।